По одному делу с ним проходят Олег Лиев, Алексей Семенюта и Владимир Ерин, которые обвиняются в финансовых махинациях, совершенных при посредничестве Бабенко. По мнению следствия, в результате действий подсудимых банку МЕНАТЕП СПб был нанесен ущерб в размере 129 млн руб., 20 млн руб. потеряло ООО «Кавказтрансгаз», а ОАО «Ставрополькрайгаз» недополучило около 500 млн руб. В ходе судебного следствия было установлено, что преступную группу в сентябре 2001 года создал директор ООО «Архыз» Олег Лиев, который вовлек в незаконную деятельность гендиректора ООО «Тико» Алексея Семенюту, управляющего ставропольским филиалом банка МЕНАТЕП СПб Игоря Бабенко и своего личного водителя и охранника Владимира Ерина. В ноябре 2001 года Лиев зарегистрировал два ООО – «Русский газ» и «Русский газ – Юг», которые по договору с ОАО «Ставрополькрайгаз» собирали долги крупных неплательщиков. Генеральным директором этих компаний был назначен Алексей Семенюта. Как установило следствие, чаще всего должники рассчитывались со сборщиками долгов ликвидными векселями, однако на счета газовиков поступало менее 50% всех собранных платежей. Остальные деньги переводились на счета 17 коммерческих структур, в разное время зарегистрированных на Владимира Ерина и имеющих счет в банке МЕНАТЕП СПб. Для легализации полученных денежных средств господином Лиевым был разработан простой механизм. Ерин и Семенюта продавали полученные от должников Ставрополькрайгаза векселя различным коммерческим банкам, а деньги зачислялись на вклады до востребования в банке МЕНАТЕП СПб. Зачисления производились по фиктивным приходным кассовым ордерам по прямому письменному указанию управляющего филиалом господина Бабенко. Затем эти средства переводились на счета фирм-однодневок, где Владимир Ерин выступал в качестве учредителя. В деле исследовано 27 эпизодов мошеннических действий, совершенных с ноября 2001 по май 2005 года. Потерпевшими признаны Национальный банк «Траст», ОАО «Ставрополькрайгаз», ООО «Кавказтрансгаз», а также находящийся в заключении Михаил Ходорковский. Игорь Бабенко пытался избежать ответственности, покинув пределы России. Однако в июле 2005 года он был задержан в Вильнюсе по международному ордеру. Россия обратилась с просьбой о выдаче Бабенко для проведения следственных действий, но апелляционный суд Литвы постановил, что получивший убежище в Литве гражданин России Бабенко не будет выдан. Такое решение было принято в связи с тем, что ради получения убежища Бабенко объявил себя «соратником» Ходорковского. Суд в то же время не учел, что ранее глава ЮКОСа дал следствию показания о том, что никогда не был знаком с Бабенко и не участвовал в его назначении на должность управляющего ставропольским филиалом банка МЕНАТЕП СПб. В настоящий момент головное дело в отношении Бабенко выделено в отдельное производство и приостановлено.