Руководитель Роспотребнадзора Геннадий Онищенко сообщил, что граждане стали в 3,5 раза чаще жаловаться на банки. Чиновник выразил чувство глубокого удовлетворения тем фактом, что уровень финансовой грамотности населения растет, и огорчение в связи с тем, что банки, вместо того чтобы создавать себе позитивный имидж, добиваются в том числе и от Генпрокуратуры поддержки в резком ограничении возможностей использования Закона «О защите прав потребителей»
 
NBJ № 9(76), 2010 
«Кого, что и почему обсуждали в августе», стр. 38

В 2008–2009 годах Роспотребнадзор получил 6 тыс. жалоб на банки, а в 2010–2011 годах – почти 41 тыс. обращений. Ведомство стало не просто аккумулировать жалобы, но и превратилось в своеобразный центр помощи заемщикам. «В 2007–2008 годах граждане в основном жаловались на правомочность или неправомочность взимания комиссий, навязывание дополнительных услуг, связанных с выдачей кредитов, и т.д. Сегодня объектом жалоб становятся действия финансово-кредитных организаций, которые не всегда сами по себе содержат состав административного правонарушения. Поэтому Служба теперь очень много внимания уделяет разъяснению гражданам их прав в принципе», – рассказал начальник управления защиты прав потребителей Роспотребнадзора Олег Прусаков в интервью NBJ (май 2012 года). 
Первые столкновения Роспотребнадзора с банками начались в 2005–2006 годах по поводу комиссий за ведение ссудного счета. Банковские ассоциации пытались доказать, что Закон «О защите прав потребителей» не распространяется на финансовые услуги, однако в январе 2007 года Верховный суд РФ высказал иную точку зрения на этот счет. Услуги по предоставлению кредитов подпадают под Закон «О защите прав потребителей», и Роспотребнадзор, таким образом, имеет полномочия следить за соблюдением этого закона в финансовой сфере. 1 июля 2007 года вступило в силу требование Банка России раскрывать заемщикам эффективные ставки по кредитам, реальную стоимость кредитов с учетом всех комиссий. В конце того же года эта обязанность банков была закреплена и в Законе «О защите прав потребителей».
Что касается комиссии за ведение ссудного счета, с которой все начиналось, то в течение нескольких лет суды по всей стране принимали разные решения. Но в итоге дело закончилось в пользу ведомства, которое в то время возглавлял Геннадий Онищенко: 17 ноября 2009 года президиум Высшего арбитражного суда (ВАС) постановил, что взимание банками комиссий за открытие и ведение ссудных счетов при выдаче кредитов незаконно. Банк России поддержал это решение, сообщив, что «взимание платы за исполнение банком своей обязанности представляется некорректным».
В течение нескольких лет велась дискуссия о том, кто должен заниматься защитой прав клиентов банков: Роспотребнадзор, Банк России или некое новое, специально созданное агентство. Верх все-таки одержал Банк России, который начиная с осени 2013 года стал исполнять также функции мегарегулятора финансового рынка и, соответственно, надзирать не только за тем, как ведут себя банки по отношению к своим клиентам, но и за тем, как ведут себя по отношению к клиентам страховые компании, микрофинансовые организации и другие участники рынка финансового посредничества. 
Последним по времени наиболее заметным казусом, в обсуждении которого принял активное участие Роспотребнадзор, была валютная ипотека. После резкого падения курса рубля по отношению к мировым резервным валютам «ипотечники» стали настаивать на изменении условий своих договоров. Роспотребнадзор, очевидно по сложившейся традиции, сначала встал на сторону заемщиков, но потом скорректировал свою позицию и в июле 2016 года в ответном письме, адресованном одному из «ипотечников», указал, что договоры об ипотечном кредите в иностранной валюте не противоречат ни Гражданскому кодексу (ГК), ни Закону «О защите прав потребителей». С другой стороны, начальник управления защиты прав потребителей Роспотребнадзора Олег Прусаков пояснил в своем комментарии СМИ, что, хотя выдача кредита в иностранной валюте и не противоречит нормам закона, «это не означает, что такой договор нельзя оспорить в суде».